Emilio Lozoya enfrenta 5 órdenes de arresto por estos delitos, la Fiscalía General de República, FGR, le imputó delincuencia organizada, cohecho y operaciones con recursos de procedencia ilícita, la adquisición del Astillero en España y el caso Odebrecht.
Santiago Nieto, titular de la Unidad de Inteligencia Financiera, explicó que "la unidad inteligencia financiera presentó 4 denuncias en contra del señor Lozoya por los casos de Odebrecht, Agro y algún tema de defraudación fiscal. Estos casos han sido procesados por la fiscalía quien obtuvo las órdenes de aprehensión”, precisó
Además, también se encuentra pendiente la adquisición de un astillero en España, durante la administración Emilio Lozoya Austin, y que ha reportado pérdidas a Pemex por 50 millones de euros. Fue con el expresidente Felipe Calderón Hinojosa y su secretario de Gobernación Juan Camilo Mouriño quienes pactaron y prometieron resctar la empresa con dinero de Pemex.
En relación al caso Odebrecht, la empresa brasileña alcanzó al exdirector de Pemex, Lozoya es señalado de haber recibido sobornos millonarios de la compañía, mismos que fueron utilizados en la campaña presidencial del expresidente, Enrique Peña Nieto.